Доменная структура белка DPO3E_ECOLI

На главную страницу семестра

В базе данных Pfam мы нашли описание доменной структуры моего белка, как оказалось (и как мы можем увидеть ниже мой белок состоит из небольшого количества доменов, причем только один из них относится к базе PfamA, которая содержит данные об уже изученных доменах). Ниже на картинке спарва изображена доменная структура белка, а справа трехмерная структура одного домена, который взят из PfamA.

Ниже пирводится краткое описание доменной структуры белка в целом:

Табл. Краткое описание доменной структуры белка

Идентификатор Pfam	Название записи	Полное название домена	Положение в последовательности DPO3E_ECOLI
PF00929	Exonuc_X-T	Экзонуклеаза	8-175
PB00901	Информации по домену нет	Информации по домену нет	179-242

Примечание: В моем белке обнаружена область низкой сложности (повторене одной аминокислоты) в пределах 194-197.

Подробное описание домена PF00929

Описание домена: Данный домен входит в состав последовательности ряда экзонуклеазных белков, таких как рибонуклеаза Т и эпсилон субъединицы ДНК-полимеразы III.
Рибонуклеаза Т отвечает за оборот конца тРНК и удаление концевой АТФ из тРНК. ДНК-полимераза III - комплекс, мультицепной фермент, играющий важную роль в репликационном синтезе бактерий, а так же проявляет экзонуклеазную активность от 3' к 5'концу.
Всего известно 1156 белков с доменом Exonuc_X-T.

Ниже приводится таблица, в которой показано, в каких таксонах встерчается исследуемый домен:

Таксон		Количество белков с доменом PF00929 .
Эукариоты	Растения	39
	Грибы	96+6
	Животные	1+32+164+9
Бактерии		788
Археи		3

При помощи возмоностей програмы PFAM мы рассмотрели изображения основных типов доменной архитектуры (28 представительных последовательностей было приведено). В результате мы можем указатьна следущие особенности возможных структур:
- Чаще всего домен бывает единственным в белке (948 из 1156 белков содержат этот домен, причем как правило он расположен ближе к концу).
- Случаев дупликации домена зафиксировано не было.
- Данный домен не встречался дважды ни в одной из структур.
- Случаев перестановки двух доменов нет.
- Интересно заметить, что в 79 белках встретилось такое положение исследуемого домена, что он делил другой домен (PHP) на две части, при этом в 64 белках перед ним стоял домен tRNA_anti, а после домен DNA_pol3_alpha, и еще в 15 перед ним не было доменов, а за ним стоял все тот же домен DNA_pol3_alpha. По-видимому, эта структура также имеет большое значение.